背景設定與人物
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參見：女神異聞錄5角色列表
《女神異聞錄5》發生在一個有人格面具（Persona）的世界中，圍繞着一群擁有人格面具的高中學生展開。人格面具是駕馭心靈而得到的力量。在心裏隱藏着的「另一個自己」，在觸到自己心底的時候出現的人格。或在面對外界事物時，表現在外的「人格」，將自己武裝起來的「面具」。[17]遊戲發生在20XX年四月的現代東京，秋葉原、新宿、澀谷等地區都與現實世界中的一樣。[18]不僅有很大的遊戲場景，還有一些特殊地點諸如商店、餐館和電影院可以進入。整個遊戲的主要遊戲場景是主角就讀的私立秀盡學園。[4][5][6]第二個主要場景是「異世界」（Metaverse），這是一個超自然的地方，由人類的潛意識和認知的物質表現形式組成。在異世界中，心中有強烈扭曲欲望的人形成了自己獨特的「殿堂」，同時亦是殿堂主人的另一個現實世界，殿堂主人的陰影是殿堂的支配者，若殿堂主人的陰影被殺，殿堂主人就會失去所有欲望，包括生存的欲望，而變成「廢人」。[5][19][20]殿堂里有各種各樣的陰影，是殿堂主人強烈扭曲的欲望實體化而成的存在。
「秘寶」是欲望的來源，在殿堂的中心，只要把秘寶從殿堂中奪走的話，就會令殿堂消失，同時殿堂主人亦會悔改。剛發現秘寶時是無法馬上奪走，因尚未實體化的緣故，需通過「預告信」將其實體化。
天鵝絨房間是《女神異聞錄系列》慣例登場的謎之房間，在這間房間可以進行人格面具合體等操作。它是夢與現實、意識與無意識之間的世界。由於該房間的形態和背景是會根據契約者的命運和心境而有所變化的，所以本作的天鵝絨房間是一座監獄。[16]
玩家扮演的主角是一個與其他《女神異聞錄系列》遊戲一樣沉默的角色：他是心之怪盜團的領導者，他們從犯罪分子和其他壞人的殿堂中奪取秘寶，促使他們悔改並阻止他們的犯罪行為。[6][21]他的第一個同伴是同校學生坂本竜司，第二個同伴則是摩爾加納，牠是在殿堂內部幫助他們的一個神秘、像貓一樣的存在。在遊戲過程中，還有更多的人加入了怪盜團，其中包括美日混血的高卷杏、藝術天才喜多川祐介、秀盡學生會會長新島真、電腦駭客佐倉雙葉和奧村食品公司社長的千金奧村春。[4][6][21]與主角聯繫密切的還有高中生偵探明智吾郎、檢察官兼新島真的姐姐新島冴、天鵝絨房間的伊格爾和他的兩位助手卡蘿莉娜與芮絲汀娜。[4][22]
故事劇情與結局
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本作故事背景為現代的日本東京，秋葉原、新宿、澀谷等地區都與現實世界中的一樣。[18]故事開始前發生了一連串離奇的意外事件，如交通事故、工廠爆炸等。肇事者們無故突然像失心瘋一般狂暴化，事後卻說「不知道為什麼會做這樣的事」或變成「廢人」。這一系列事件被稱之為「精神失控事件」，使得人心惶惶。
20XX年四月，主角因為捍衛一名在街上被一醉酒男子騷擾的女子而被誣告傷害並予以緩刑，並被退學。然後主角被送往東京，留宿於他父母的友人佐倉惣治郎經營的的咖啡店「盧布朗」，並在未來一年的緩刑期間就讀於私立秀盡學園。[23]之後，他進入到天鵝絨房間，在那裏伊格爾警告他必須「更生」才能迴避滅亡的來臨，並交給他一個「異世界導航」的手機應用程式。上學第一天，主角無意中啟動神秘的手機應用程式「異世界導航」後，跟剛認識的坂本龍司一起進入了鴨志田的「古城」。在被「陰影」窮追不捨時，還遇到了謎之生物「摩爾加納」。就在兩人差點被「古城」的陰影處決之際，主角覺醒了人格面具的能力，擊退了陰影。摩爾加納告訴他們把秘寶從殿堂中奪走的話，就會令殿堂消失，同時殿堂主人亦會改邪歸正。之後，主角和龍司還有同學高卷杏等人讓施虐、性騷擾的教師鴨志田改過自新，以此為契機，組成了心之怪盜團，開始了讓世間的壞人「悔改」的行動。
隨着心之怪盜團的成員數量的增加，他們吸引了公眾和警察們的注意，包括檢察官新島冴和高中生偵探明智吾郎。心之怪盜團知道了一個秘密團體，包括一個戴着黑色面具的暗殺者，正在利用異世界來殺死他們想讓之悔改的目標，並正想消滅他們。在他們揭露陰謀的過程中，亦敵亦友、長期觀察和協助怪盜團的明智吾郎也加入了心之怪盜團。隨後心之怪盜團們發現他其實就是黑色面具的暗殺者。之後心之怪盜團在新島冴的幫助下，推斷出這個陰謀的領導者是政治家獅童正義，他一直在利用明智吾郎在異世界的能力來消除那些讓他成為首相的障礙，並將他的改革強加給日本，對主角們進行了強烈的攻擊指控。當心之怪盜團進入獅童正義的殿堂時，他們遇到了明智吾郎，他透露自己其實是獅童正義的私生子，但獅童正義卻不知道這件事並且忽視自己的母親，於是他一直暗中策劃着對獅童正義多年來的疏忽進行報復。明智吾郎被擊敗後，眾人隨即遭到殿堂陰影進迫，明智吾郎省悟自己一直只是被獅童正義利用，犧牲自己保護心之怪盜團逃離攻擊，並得以到達殿堂的秘寶處。怪盜團隨後使獅童正義悔改。
儘管獅童正義在悔改後被逮捕和供認他的罪惡，但公眾仍然對此漠不關心，並已失去對心之怪盜團的信任。於是心之怪盜團最終決定奪走位於印象空間核心的大眾的秘寶。在印象空間內部，他們發現大眾選擇放棄自己的自由，任由被關在囚籠里。心之怪盜團然後被秘寶——聖杯從印象空間趕出，在目睹印象空間與現實融合之後，因社會大眾內心中對於怪盜團的認知存在逐漸消失，導致怪盜團全員從這個世界上被抹殺其存在，下場與死亡無異般完全消失。主角在天鵝絨房間醒來，卡蘿莉娜和芮絲汀娜重拾他們的記憶並融合為她們原本的樣子——拉雯妲。拉雯妲揭示一直以來與主角對話的伊格爾其實是「統治之神」亞爾達拜特冒名頂替的。亞爾達拜特的另一身份正是印象空間的秘寶聖杯，因人類放棄自由與接受控制的意願而誕生。因為曾與伊格爾就人類的目標打賭，亞爾達拜特給了主角和明智吾郎能力，看看這個世界是否會因為他們的行為而繼續存在或毀滅。主角拒絕了亞爾達拜特以自由為代價回到自己的世界的提議，其他心之怪盜團成員也一樣，繼續與亞爾達拜特抗爭。主角的協助者們團結民眾並獲得民眾的支援，切斷亞爾達拜特對人性的控制，使得主角覺醒了人格面具「撒坦耶爾」並消滅了亞爾達拜特和印象空間。
在擊敗亞爾達拜特後，為了讓獅童正義被控告，主角必須先自我招供以提供證據。當主角被監禁時，其他心之怪盜團的成員和他的協助者們成功地幫助主角洗脫罪名。第二年的春天，主角的朋友把他送回了他的家鄉。
若玩家遇上以下情況，則遊戲按劇情進入不同的結局：
主角本人在戰鬥中被擊敗（HP值跌至0）而死亡；
玩家未能在期限前完成指定殿堂的攻略，主角會因此被捕；
玩家在進行關鍵對話時，會因選擇的答案進入不同結局(一個會進入結局，一個則會繼續推動劇情)。
皇家版
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在《女神異聞錄5 皇家版》中，如果與丸喜的Coop等級達到Max將會進入俗稱的「第三學期」。聖誕前夕主角做好自首覺悟之時，被認為已死的明智吾郎現身並代替主角向警察自首，以證明自己和獅童正義的罪行。本以為事情告一段落、皆大歡喜，主角卻發現自己被捲入「虛假的現實」當中，不但雙葉的媽媽一色若葉彷彿從來沒有死去般出現，自首的明智吾郎也彷彿從未被逮捕過，除此之外各式各樣的遺憾彷彿都從未發生過。主角後與不受這個「虛假的現實」影響的芳澤霞、明智吾郎對出現在現實世界中的殿堂進行調查，而在調查此殿堂過後發現這個虛假的現實的締造者正是秀盡學園曾經聘請的心理輔導員丸喜拓人，丸喜向三人說明現在的這個世界所發生的一切都是真實的，也就是說，這並非是虛假的現實。他要求主角們考慮過後，再告訴他是否要否認這個現實。
之後三人第二次潛入殿堂並與丸喜對峙，他們從丸喜口中得知「芳澤霞」早已去世，而先前的那位少女其實是芳澤霞的雙胞胎妹妹「芳澤堇」，這一切也都是丸喜拓人的人格面具能力「曲解之力」造成的，使芳澤堇對於自己是芳澤霞一事深信不疑，同時曲解周遭所有可能導致芳澤堇發現真相的事物。同時間，曾經在主角們第二次潛入殿堂前與主角交談過的心之怪盜團的成員們也聚集在盧布朗，並在相互討論過後從「虛假的現實」中醒悟，並到殿堂中幫助當時陷入困境的主角與明智，將芳澤堇帶回。芳澤堇受到大家的鼓舞決意戰鬥，與心之怪盜團先後攻略丸喜拓人的殿堂，以及被丸喜拓人滲透的印象空間。最終，心之怪盜團打敗了丸喜拓人，阻止了異世界與現實世界的融合，世界從「虛假的現實」中恢復到原來的模樣。